健診は医療費控除に入らない

人間ドック・健康診断等の費用

いわゆる人間ドックや健康診断(以下「健康診断等」といいます。)の費用は、疾病の治療を行うものではないので、原則として医療費控除の対象とはなりません。

しかし、健康診断等の結果、重大な疾病が発見され、かつ、その診断等に引き続きその疾病の治療を行った場合には、その健康診断等は治療に先立って行われる診察と同様に考えることができますので、その健康診断等のための費用も医療費控除の対象になります。

https://www.keisan.nta.go.jp/h30yokuaru/cat2/cat22/cat221/ocat324/cid078.html